À l’aube du XIIIᵉ siècle, le lieu qui deviendra Chapelle-sur-Moudon est mentionné pour la première fois sous la forme latine Capella. Cette appellation renvoie à l’existence d’une petite chapelle, élément structurant du territoire au haut Moyen Âge, autour duquel s’organise progressivement l’habitat et l’identité du lieu.

Au XIIᵉ siècle, le village appartient en tout ou partie à une famille noble dite « de Chapelle », comptée vers 1200 parmi les bienfaiteurs de la cathédrale de Lausanne, indice d’un lignage local influent. Guillaume de Chapelle, chevalier, épouse la fille du Major de Dommartin. Cette alliance rattache la famille de Chapelle à un centre de pouvoir voisin et annonce son déplacement d’ancrage seigneurial.

Dans le prolongement de l’appellation Capella, la mention de Capella Waldana marque une étape clé dans la fixation du nom du lieu. Elle traduit le passage d’une désignation générique, centrée sur l’existence d’une chapelle, à un toponyme individualisé par un qualificatif d’origine anthroponymique. Le terme Waldana, issu du nom Waldo, renvoie vraisemblablement au fondateur ou au détenteur du domaine sur lequel l’édifice cultuel a été établi. Cette évolution reflète une logique médiévale courante, associant repère religieux et référence seigneuriale, et préfigure les formes ultérieures Capella Vaudanne.

En 1228, l’église Saint-Martin est attestée comme église paroissiale. Cette reconnaissance confirme l’existence d’une communauté locale structurée autour d’un centre religieux stable, qui joue un rôle essentiel dans l’organisation spirituelle, sociale et territoriale du village.

Une partie des biens de l’ancienne famille de Chapelle passe ensuite aux nobles de Vullien, puis aux nobles de Genève–Lullin, illustrant la circulation féodale des patrimoines par cessions et recompositions.