À l’aube du XIIIᵉ siècle, le lieu qui deviendra Chapelle-sur-Moudon est mentionné pour la première fois sous la forme latine Capella. Cette appellation renvoie à l’existence d’une petite chapelle, élément structurant du territoire au haut Moyen Âge, autour duquel s’organise progressivement l’habitat et l’identité du lieu.

Dans le prolongement de l’appellation Capella, la mention de Capella Waldana marque une étape clé dans la fixation du nom du lieu. Elle traduit le passage d’une désignation générique, centrée sur l’existence d’une chapelle, à un toponyme individualisé par un qualificatif d’origine anthroponymique. Le terme Waldana, issu du nom Waldo, renvoie vraisemblablement au fondateur ou au détenteur du domaine sur lequel l’édifice cultuel a été établi. Cette évolution reflète une logique médiévale courante, associant repère religieux et référence seigneuriale, et préfigure les formes ultérieures Capella Vaudanne.

La forme « Cappella Vouzanna » apparaît dans les sources médiévales comme une nouvelle variante du nom de Chapelle. Elle témoigne de l’évolution progressive du qualificatif issu de Waldana, adapté aux usages linguistiques romans locaux, et illustre les fluctuations orthographiques courantes dans les documents du Moyen Âge.

La forme « Capella Vaudanne » apparaît dans les sources comme une étape décisive de l’évolution du toponyme. Elle témoigne de l’adaptation progressive du qualificatif issu de Waldana aux usages romans locaux et précède la francisation définitive en « Chapelle–Vaudanne », désormais stabilisée dans les documents modernes.

En 1953, la commune adopte officiellement le nom de Chapelle-sur-Moudon afin d’éviter toute confusion avec d’autres localités homonymes. Cette décision s’inscrit dans une politique cantonale de clarification toponymique et renforce l’identification du village à son territoire régional.