À l’aube du XIIIᵉ siècle, le lieu qui deviendra Chapelle-sur-Moudon est mentionné pour la première fois sous la forme latine Capella. Cette appellation renvoie à l’existence d’une petite chapelle, élément structurant du territoire au haut Moyen Âge, autour duquel s’organise progressivement l’habitat et l’identité du lieu.

Dans le prolongement de l’appellation Capella, la mention de Capella Waldana marque une étape clé dans la fixation du nom du lieu. Elle traduit le passage d’une désignation générique, centrée sur l’existence d’une chapelle, à un toponyme individualisé par un qualificatif d’origine anthroponymique. Le terme Waldana, issu du nom Waldo, renvoie vraisemblablement au fondateur ou au détenteur du domaine sur lequel l’édifice cultuel a été établi. Cette évolution reflète une logique médiévale courante, associant repère religieux et référence seigneuriale, et préfigure les formes ultérieures Capella Vaudanne.

Au début du XIVᵉ siècle, la plus grande partie de Chapelle – Vaudanne passe sous l’autorité du comte de Savoie, probablement à la suite du démembrement et de la recomposition des possessions seigneuriales autour de Moudon. Cette intégration marque une rupture institutionnelle : le village quitte une organisation essentiellement locale pour s’inscrire durablement dans les cadres administratifs et juridiques de la seigneurie savoyarde.

Au milieu du XIVᵉ siècle, Chapelle – Vaudanne est frappée par la peste noire, grande pandémie qui ravage l’Europe entre 1348 et 1352. Comme dans de nombreuses communautés rurales, la mortalité est extrême et entraîne un effondrement démographique estimé à près des trois quarts de la population, bouleversant durablement l’organisation sociale et l’exploitation des terres.

Vers 1360, le village est frappée par une nouvelle épidémie de peste, bientôt suivie d’un incendie qui ravage le village. Ces catastrophes successives achèvent de ruiner une communauté déjà fortement affaiblie, provoquant d’importantes pertes humaines et matérielles et accentuant durablement le déclin démographique et économique du site.