Dans la continuité des transmissions patrimoniales de la métralle et du domaine de Chapelle, Françoise Serragin, unique héritière de Jean Serragin, apporte une importante fortune en épousant le noble Nicod d’Ifflens. Cette alliance marque le passage des droits et des biens de Chapelle dans une famille de rang nobiliaire, illustrant les liens étroits entre bourgeoisie urbaine et noblesse régionale.

Par alliance, la fille de Nicod d’Ifflens apporte la seigneurie à Henri de Praroman, bailli de Lausanne sous l’épiscopat d’Aymond de Montfalcon (1495–1499), ouvrant une longue période de domination praroman.

Le 29 janvier 1497, Raoul de Praroman, héritier de la seigneurie de Chapelle–Vaudanne, rend hommage au duc Philibert de Savoie. Cet acte solennel confirme officiellement les droits seigneuriaux de la famille de Praroman et entérine son intégration pleine et entière dans la hiérarchie féodale de l’État savoyard.

Vers 1524, le seigneur de Praroman nomme Jacques Fillet, dit Besson, à la fonction de métral de Chapelle. En tant que représentant local du seigneur, le métral est chargé de l’administration du domaine, de la perception des redevances et de l’exercice de la justice seigneuriale. Cette nomination marque la première attestation du nom de Besson dans la localité et l’entrée durable de cette famille dans l’administration seigneuriale et l’histoire sociale du village.

En 1536, la conquête bernoise du Pays de Vaud entraîne un profond changement politique et institutionnel. Après la capitulation de Moudon et la soumission de la région, Berne réorganise le territoire en bailliages. Chapelle est intégrée au bailliage de Moudon, administré depuis le château de Lucens, et la Réforme est imposée dans l’ensemble du pays soumis à l’autorité bernoise.